Британският вариант на коронавируса е из цяла България: как се откриват мутациите

От почти всички области в България има пациенти, които са доказано заразени с британския вариант на SARS-CoV-2 (вирусът, причинител на болестта COVID-19) и затова може да се смята, че по-зара̀зната мутация е навсякъде в България. Изводът е на учени от Националния център по заразни и паразитни болести (НЦЗПБ). През изминалата седмица там са изследвали 96 проби на пациенти с коронавирус, при 68 от които е доказан британският вариант.

От наличието на мутацията не следва, че заболяването ще протече по-тежко, но информацията е важна за здравните власти в контекста на разпространението на епидемията - мутиралият вариант се предава по-лесно от човек на човек.

Доказването е възможно със специфично генетично изследване, наречено целогеномно секвениране. То е важно, защото определя идентичността на вируса. Пред "Дневник" молекулярният биолог доц. Иван Иванов от НЦЗПБ обяснява защо изследването е важно и какви са трудностите.

Британският вариант е тук... поне от декември

До края на януари доказаните пациенти, заразени с британската мутация на коронавируса бяха 33. През втората седмица на февруари са изследвани 96 проби (взети по различно време от последните дни, седмици и месеци), при 70% от които (68 на брой) е установен английският вариант.

"Вече имаме пациенти с британския вариант от почти всички области в страната, така че е навсякъде. В Кюстендил, където сега е най-сериозна обстановката, доказахме пациент отпреди новата година. Имаме проба от 31 декември, която е положителна за британския вариант", казва доц. Иван Иванов.

Той уточнява, че изследваните за мутацията проби не са случайно подбрани, а напротив - търсенето на британския вариант е било целенасочено. Това означава, че за допълнителното генетично изследване са избрани проби на заразени, които са пътували до чужбина, техни контактни или специфични проби, при които не се открива S генът при изследване с PCR тест.

Положително е, че засега южноафриканската и бразилската мутация на оригиналния SARS-CoV-2 не са доказани в България. Те, както и британският вариант се свързват с по-висок вирусен товар, което може да предполага потенциал за повишена предаваемост.

Изследване на 96 проби е малко

През изминалата седмица доказано заразените с коронавирус в България са 6136 души. На този фон изследваните 96 проби за генетични особености - които дори не са взети само от този период - са малко и представляват около 1.5% от общия брой положителни проби. За сравнение, Европейската комисия препоръчва поне 5% от положителните проби да се подложат на целогеномно секвениране, за да се вадят изводи за разпространението на мутации.

"За нашия капацитет 1% е добре, но за показателност на извадката, са малко", уточнява доц. Иван Иванов. Той обяснява, че досега в Националния център по заразни и паразитни болести е правено целогеномно секвениране на 48 проби седмично, а максималният капацитет на апарата, който прави генетичното изследване, е 96 проби. За детайлното изследване са необходими и реактиви, доставките на които се бавят, обяснява молекулярният биолог. По думите му от тази седмица България ще изпраща на всеки седем дни за допълни проучвания по 200 проби до Германия, като тази възможност е предоставено безвъзмездно от Европейската комисия.

Отделно в НЦЗПБ предстои да се въведе метод, с който ще се увеличи възможният капацитет за изследване на пробите, както и да се намали цената за това. Към момента целогеномното секвениране на една проба струва около 500 лв., казва доц. Иванов, което означава, че само за последните 96 проби са вложени 48 хил. лв. С въвеждането на новия метод, вероятно през март, разходът ще бъде сведен до около 100 лв. за проба.

За допълнителни възможности за целогеномно секвениране в други три лаборатории заговори преди повече от седмица и главният държавен здравен инспектор доц. Ангел Кунчев. Засега обаче не е публично известно генетичното изследване да се прави на места извън Националния център по заразни и паразитни болести, нито да има обучени хора за това. Заради високата цена на изследването доц. Кунчев заключи, че "това не е нещо, което безкрайно можем да разширяваме".

Целогеномното секвенирано е сложно

Извън високите разходи целогеномното секвениране е труден процес от научна гледна точка, който изисква висока концентрация, за да не бъде изследването провалено.

"Отнема по минимум дванайсет часа на ден, изисква се и внимание, ангажирахме колеги, които досега не са участвали, за да помагат", казва доц. Иван Иванов. По думите му помощта на колегите до голяма степен се изразява в това да наблюдават работата по подготовката на пробите преди да влязат в машината за целогеномно секвениране. Подготовката представлява пречистване от човешкия и бактериалния материал, така че да остане само вирусният.

"Накапваме различни реагенти, смесваме, разпределяме, промиваме - има най-малко 50-60 стъпки преди една проба да стигне до секвенатора. Неговата работа пък е да изследва едновременно милиарди молекули на вируса за тяхната генетична информация. Това трае до 40 часа, така че чисто техническото време на апарата е около ден и половина, а на хората преди това е три дни", обяснява молекулярният биолог.

Изходната точка за изследването също е сложна

В публичното говорене на здравни експерти и власти много често се казва, че за доказване на английската мутация се изследват проби от PCR тест за коронавирус, при които не е засечен S генът. Това означава, че тестът е потвърдил наличието на вируса по някои от другите гени, които са му заложени да търси, но не е открил гена на т. нар. Spike protein или шипчест протеин. А причината да не го открива е, че заради мутацията S генът на вируса е променен и съответно тестът не го засича.

"По принцип много малко PCR тестове въобще търсят S ген, повечето търсят други N, E и ORF гените - това са по-стандартните гени. Много малко лаборатории са си купили PCR тестове, които детектират и S ген", смята доц. Иванов. За да не насочва пациентите към конкретни лаборатории, той отказва да назове известните му места, където PCR тестовете изследват и за S ген.

При другите две често коментирани в публичното пространство мутации - южноафриканска и бразилска - за заподозиране на наличието на вариантите в България, не може да се разчита на PCR тестовете. Положителното е, че с целогеномното секвениране ще може да се установи каквато и да било мутация - изследването не е конкретно насочено само за английския вариант.

За отделния пациент едва ли е от значение дали е заразѐн с нов вариант на SARS-CoV-2, доколкото мутацията не води до по-тежко протичане на заболяването. То зависи основно от здравословното състояние на всеки отделен човек. Но заради убеждението, че промененият коронавирус се предава по-лесно от човек на друг, за здравните власти е важно да знаят до каква степен в страната се разпространява по-зара̀зен вариант. От това зависи дали и колко бързо ще бъде отново претоварена болничната система.

Как (не) се въвеждат ограничения срещу разпространението на коронавируса по области - тук
За обещанието на премиера ресторантите да отворят на 1 март - тук

Всичко, което трябва да знаете за: